Neben den zuvor erwähnten Besonderheiten der Juristischen Fakultät und der privat finanzierten Fakultät für Digital-Engineering verfügt die Universität Potsdam noch über weitere Fakultäten, die ganz besondere Projekte durchführen. So betreut etwa die Philosophische Fakultät der Universität das Archiv von Theodor Fontane, dem berühmten deutschen Schriftsteller.
Generell unterteilen sich die sechs eben vorgestellten Fakultäten weiter in verschiedene Institute, die wiederum aus verschiedenen Lehrstühlen zusammengesetzt sind. Wie viele Institute und Lehrstühle pro Fakultät eingerichtet werden ist dabei unterschiedlich. Die Anzahl der Institute und Lehrstühle ist dabei zum einen von fachlichen Fragen inhaltlicher Art abhängig, richtet sich aber oftmals auch nach der finanziellen Ausstattung der Fakultäten. Diese wiederum ist von den öffentlichen Geldern der Universität und privaten Spenden abhängig.
Neben den Fakultäten mit ihren verschiedenen, untergeordneten Instituten und Lehrstühlen verfügt die Universität Potsdam darüber hinaus über eine ganze Reihe so genannter An-Institute. Unter diesem Begriff werden all jene Institute zusammengefasst, die rechtlich selbstständig sind, jedoch an einer Universität angesiedelt sind. Sie sind zwar in personeller, räumlicher und organisatorischer Hinsicht mit der Hochschule verflochten, bilden aber keinen integralen Bestandteil dieser. Zu den An-Instituten der Universität Potsdam zählen unter anderen das Evangelische Institut für Kirchenrecht und das Institut für angewandte Familien-, Kindheits- und Jugendforschung e.V.
Neben den eben vorgestellten An-Instituten verfügt die Universität Potsdam darüber hinaus noch über verschiedene wissenschaftliche Einrichtungen und Forschungszentren. Diese befassen sich jeweils mit eigenen Bereichen der Wissenschaft und mit verschiedenen wissenschaftlichen Fragestellungen. Dabei liefern sie oftmals hochwertigen Output, der international stark beachtet wird und in der Landschaft der deutschen Hochschulen eine wichtige Rolle spielt. Die verschiedenen Einrichtungen arbeiten dabei besonders eng mit den verschiedenen Fakultäten der Hochschule zusammen, sodass beide Seiten voneinander stark profitieren können. Gleichzeitig gibt es auch immer wieder Wechsel des Personals zwischen den Fakultäten und den Einrichtungen sowie den An-Instituten. Dies führt dazu, dass die Universität Potsdam sich stetig wissenschaftlich verbessern kann.